En af de største udfordringer i S-togs systemet er røret i boulevardbanen hvor s-togene i en kort strækning kun har to spor til begge retninger. Det er dog ikke de eneste skinner der findes på strækningen - de resterende bliver brugt til regionaltog. Indtil videre er det nødvendigt for at opfylde kystbanens behov for at komme hele vejen til Hovedbanen men med de løse planer om at omdanne kystbanen til en s-togslinje, åbner man så ikke op for bare at lade alle regionaltog, intercitytog mv. stoppe på Hovedbanen? På den måde vil man kunne lade regionaltogsperronen på Nørreport blive brugt til S-tog. Vesterport kunne man evt. springe over for nogle af togene, hvis det bliver for dyrt at bygge en ekstra perron der. Tænker ikke det er den største udfordring uanset. Med den ekstra kapacitet vil man også kunne åbne op for muligheden for at bygge f-linjen om til en reel ringbane.