CFL Cargo Danmark ApS opstod ved årsskiftet 2006/07, hvor Dansk Jernbane ApS (DJ) blev omdøbt til CFL Cargo Danmark ApS. Navneændringen skyldtes, at moderselskabet CFL Cargo i Luxembourg ønskede at signalere, hvem der stod bag selskabet.
To MX- og to MY-lokomotiver blev omlitreret fra Dansk Jernbane ApS og senere blev yderligere lokomotiver indkøbt. Selskabet var hjemmehørende i Padborg, hvor der blev etableret værkstedsfaciliteter samt plads til opstilling af lokomotiver. Selskabets Vehicle Keeper Marking (VKM) var CFLCD.
CFL Cargo Danmark ApS havde fokus på godstransport på skinner i Danmark men samarbejdede også med søsterselskabet CFL Cargo Deutschland om grænseoverskridende trafik. Af transportopgaver kan nævnes spånplader til Herning og cement til Taulov. I tidens løb kørtes der også stålplader fra Frederiksværk, tankvogne til Grindsted og møllevinger til Esbjerg.
Den 1. januar 2023 blev alle selskabets aktiver solgt til det nystartede selskab Viking Rail ApS.