Okay, så - helt generelt er det en god idé at holde fjerntog og regionaltog adskilt fra nærbaner i driften. Selv hvis de benytter samme teknologi, så bliver driften mere pålidelig og stabil hvis de kører på hver deres spor hele vejen igennem. Lad os antage at man vælger at køre fjerntogene på de inderste spor og nærtogene på de yderste; det fjerner behovet for en del sporflytninger på Vestbanen. Det giver til gengæld et andet problem: man bliver nødt til at bygge broer ved nærtogenes endestationer, da de ellers ville være nødt til at krydse hen over fjerntogenes midterliggende spor. Det er en enten-eller situation: enten er man nødt til at bygge niveaufri vendeanlæg ved Høje Taastrup og/eller Roskilde (hvis nærtrafikken er i de ydre spor), eller også er man nødt til at sideflytte spor for at få plads til perroner til østgående nærtrafikspor (med nærtrafik i de indre spor). Lad os sige at man vælger at bygge de niveaufri vendemuligheder ved Høje Taastrup og/eller Roskilde, og har nærtrafik i de ydre spor.
Taastrup, Albertslund, Brøndbyøster og Rødovre kan man rimelig let bygge en ekstra perron til, omend det vil kræve nogen ekspropriering. Glostrup skal ombygges i stor grad, men den skal ombygges alligevel. For Hvidovre kræver det derimod en større ombygning af hele udfletningen - næsten alle spor skal flyttes, og broen skal udvides. Dette arbejde alene vil formentlig skabe lige så meget driftsforstyrrelse som hele konverteringen af Kystbanen til S-tog.
Danshøj er rimelig let at håndtere. Den niveaufri udfletning ved Valby skal ombygges, men ikke i lige så stor grad som ved Hvidovre. Det kræver dog enten at man flytter den sydligste perron et godt stykke mod øst, eller ekspropriering af mange ejendomme for at opretholde en mindste radius for kurven fra Frederikssundbanen og ind mod byen. Det bliver lidt trangt med plads til en perron ved Carlsberg, men ikke umuligt. Indfletningen fra Øresundsbanen, KØR-sporet og Køge Bugt-banen skal ombygges for at forhindre krydsende togveje. Dybbølsbro skal ombygges i stor grad - der skal være minimum to spor i hver retning til fjerntog, midterlagt mellem et eller to spor pr retning til nærtog. Fjerntogene behøver dog ikke at have perroner.
På København H bliver spor 1 og 12 (og måske 2 og 11?) dedikeret til S-tog. Resten bruges til fjerntog. Nørreport og Østerport kræver ikke større ombygning, men de to sydlige vendespor ved Østerport kan kun bruges til fjerntog.
Ny perron kan rimelig let bygges ved Nordhavn. Ved Svanemøllen skal en ny perron bygges, og udfletningen ombygges eftersom de nordgående nærtog kører ad det nuværende nordgående kystbanespor. Det kan blive småt med plads til perronen, som også skal anlægges på en skråning. Ved Hellerup bliver man nødt til at vælge enten for stedse at begrænse ringbanetog til kun at køre til Hellerup, eller til altid at fortsætte mod enten Lyngby eller Klampenborg. Det sidstnævnte kræver en ombygning af udfletningen mod Ringbanen. Udfletningen mod Nordbanen skal ombygges under alle omstændigheder.
Ved Charlottenlund skal en gammel perron reaktiveres, ved Ordrup skal en helt ny bygges, og ved Klampenborg skal man enten bygge et niveaufrit krydsningsspor for at kunne vende de nordgående nærtog i de eksisterende S-togsperroner eller sløjfe de nuværende S-togsperroner og lade alle tog fortsætte nordpå - men så blander man nær- og fjerntog igen.